Чистим вручную

accesslog
sessions
watchdog

cache
cache_block
cache_content
cache_filter
cache_form
cache_menu
cache_page
cache_update
cache_views
cache_views_data

cache_hierarchical_select

search_dataset     Таблица хранит элементы, подлежащие поиску

search_index        Таблица хранит индекс поиска и ассоциируемые слова, элементы и множества

или устанавливаем модуль который в автоматическом режиме оптимизирует базу

https://drupal.org/project/db_maintenance